Перперикон е свещено място за живелите по тези места народи. Езическите племена през 5 в. пр. Хр. избират величествените канари за култа си към Бога-слънце. Траките изграждат тук мегалитно светилище с огромен олтар в центъра, на който жреците извършвали свещени ритуали с вино, жертвоприношения и огън. Днес се предполага, че това е храмът на Дионис, в който предсказват на Александър Велики, че ще завладее света. По-късно римляните завладяват града и той расте и процъфтява. Племето на готите го разорява и изпепелява. В началото на 5 век скалния град става средище на Християнството. Заради златодобива в този край между българи и ромеи се водят много битки за свещеното място. В края на 14 в. османските турци завладяват и разрушават крепостта. В запазения комплекс днес се различават 4 части – крепостна стена с кула; Акропол, чийто стени са от дялани блокове с дебелина 2,8 м,разположен в най-високата част на хълма; Дворец, на няколко етажа, с тронна зала и мавзолей с 20 каменни саркофага; северно и южно предградия-представляващи малки улички в скалите, жилищни сгради и храмове. Впечатляващи са изградените водохранилище за питейна вода и канализационна система за отвеждане на водата. В подножието на хълма са намерени частици от Светия кръст.
